由于食品种类繁多，原料来源广泛，食品工业废水具有悬浮物、油脂含量高，重金属离子多，COD和BOD数值大，水质和水量变化幅度大，氮、磷化合物含量高，某些情况下水温也较高等特点。食品废水在处理过程中会产生污泥、废油、废酸、废碱、加工过程中产生的动植物废弃物也应该进行无害化处理。

一、物理处理法

物理处理法是指应用物理作用改变污水成分的处理方法。用于食品工业污水处理的物理处理法有筛滤、撇除、调节、沉淀、气浮、离心分离、过滤、微滤等。前五种工艺多用于预处理或一级处理，后三种主要用于深度处理。

二、化学处理法

化学处理法是指应用化学原理和化学作用将污水中的污染物成分转化为无害物质，使污水得到净化。污染物在经过化学处理过程后改变了化学本性，处理过程中总是伴随着化学变化。用于食品工业污水的化学处理法有中和、混凝、电解、氧化还原、离子交换、膜分离法等。

三、生物处理法

生物化学处理法是有机污水处理系统中zui重要的过程之一。在食品加工废水处理中，生物处理工艺可分为好氧工艺、厌氧工艺、稳定塘、土地处理以及由上述工艺的结合而形成的各种各样的组合工艺。食品污水是有机污水，生物法是主要的二级处理工艺，目的在于降解COD、BOD5。

好氧生物处理工艺根据所利用的微生物的生长形式分为活性污泥工艺和膜法工艺。前者包括传统活性污泥法、阶段曝气法、生物吸附法、完全混合法、延时曝气法、氧化沟、间歇活性污泥法(SBR)等。后者包括生物滤池、塔式生物滤池、生物转盘、活性生物滤池、生物接触氧化法、好氧流化床等。一般好氧处理对低浓度污水效果较好。

厌氧生物处理工艺适用于食品加工废水处理，主要原因是污水中含易生物降解的高浓度有机物，且无毒性。此外，厌氧处理动力消耗低，产生的沼气可作为能源，生成的剩余污泥量少，厌氧处理系统全部密闭，利于改善环境卫生，可以季节性或间歇性运转，污泥可长期储存。